Um Spiele unter Proton mit Steam ans laufen zu bringen, sollte man generell in den Einstellungen von Steam den Proton Kompabilitätslayer mit der neuesten Version erzwingen.

Steam Einstellungen:

Startparameter:
Bei Steam sollte man für Warframe folgenden Startparameter einstellen:
PROTON_NO_ESYNC=1 RADV_PERFTEST=aco %command%

Proton anpassen:
Am besten läuft das Spiel mit der angepassten Proton Version https://github.com/GloriousEggroll/proton-ge-custom

Spiele-Einstellungen:
Das Spiel läuft im Vollbild Modus meistens schlechter, es wird also empfohlen das Spiel im Fenstermodus auszuführen (der Vollbild-Fenstermodus funktioniert auch gut). Zudem sollte Vsync deaktiviert werden.
Mit Nvidia Grafikkarten ist es zudem ratsam GPU Partikel zu deaktivieren, um die Stabilität zu erhöhen, mit AMD Grafikkarten ist das ändern der GPU Partikel nicht nötig.

Controller oder xboxdrv:
Das Spiel stürzt ohne Controller leider ab, dementsprechend muss man entweder einen Controller während des Spielens die ganze Zeit eingesteckt lassen oder das Paket "xboxdrv" installieren. Leider hat bei mir letzteres nicht funktioniert, wird dennoch an vielen Stellen empfohlen.
Mit den neuesten Glorious Eggroll Patches ist dies nicht mehr nötig (Stand April 2020)

Weitere Infos gibt es auch hier in der ProtonDB