Die Handlung des Spiels knüpft an das Ende von Rise of a Ninja an: Nach dem Angriff der Sound-Ninjas auf Narutos Heimatdorf Konoha liegt vieles in Schutt und Asche. Schlimmer aber ist der Verlust des Hokages der dritten Generation. Um das Dorf wieder neu aufleben zulassen, muss also ein neuer Anführer her. Also macht sich Naruto auf, den mysteriösen Hokage der fünften Generation ausfindig zu machen. Währenddessen steigt in Narutos besten Freund und Rivalen Sasuke die Eifersucht. Warum konnte er Konoha nicht verteidigen, warum ist der einst bei den Leuten so verhasste Naruto auf einmal wieder so beliebt? Fragen, die NARUTO: THE BROKEN BOND beantworten wird.